ЦЛМ участва в сътрудничество с Катедрата по микробиология при МУ – София в изпълнение на научни проекти в областта на антибиотичната резистентност на Грам (-) и Грам (+) бактерии. В ежедневната практика на лабораторията се прилагат скринигови и потвърдителни методи за откриване на ензимни механизми на устойчивост към антимикробни агени в клинично значими бактерии, като продукция на ESBL, плазмидни AmpC, ензими с карбапенемазна активност и други.
В ЦЛМ се проследява, анализира и обобщава периодично в „Информационен бюлетин” етиологичната структура и антибиотичната чувствителност на причинителите на инфектни процеси при лежащо болни и амбулаторни пациенти. Мониторира се също така антибиотичната консумация в клиниките и се извеждат препоръки за рационална антибиотична терапия и профилактика. ЦЛМ участва в международни клинични проучвания на нови антибиотици.
Научно – преподавателските кадри на лабораторията участват в цялостната дейност на Катедрата по микробиология на МФ, МУ-София. ЦЛМ е база за обучение на лекари – микробиолози, вирусолози, епидемиолози, имунолози, инфекционисти и професионалисти по здравни грижи.