Основна мисия на ЦЛМ е подобряване на грижата за пациента чрез осигуряване на своевременна, широкоспектърна и достоверна микробиологична диагностика на бактериални, гъбни и вирусни инфекции у човека с различна локализация. Развитието kна лабораторията е свързано с разширяване на дейността чрез въвеждане на най–новите методични подходи, базирани на съвременни научни достижения на микробиологията, имунологията и молекулярната биология.
Лабораторията участва в Система за външна и вътрешна оценка на качество на диагностичната дейност, за което се сертифицира два пъти годишно. ЦЛМ участва и се сертифицира ежегодно по линия на международна оценка за качество – UK/NEQAS for Microbiology, както и INSTAND – сертификат за бактериология, INSTAND – сертификат за бързи антигенни тестове за детекция на SARS-CoV-2, INSTAND – сертификат за определяне наличието на антитела срещу SARS-Cov-2.
Централната лаборатория по микробиология извършва микробиологично изследване на кръв за хемокултура; цереброспинален ликвор; пунктати от стерилни телесни кухини /плеврален, ставен, коремен, преикардиален/, перитонеален диализат; жлъчка; материали от рани, включително инфекции, свързани с оперативна намеса; урина; носен, гърлен секрет; храчка; бронхо-алвеоларен лаваж, трахеобронхиален аспират; материали от генитална система; изпражнения; очен секрет; ушен секрет; проби от болнична среда; серологични изследвания и други.