В Клиниката по хирургия се извършва оперативно лечение с различен обем и сложност на всички заболявания на гастроинтестиналния тракт, чернодробно-жлъчната система, далака, ретроперитонеалното пространство, щитовидната, надбъбречните жлези и млечните жлези, ануса и перианалното пространство и др., изискващи отстраняване на част или на целия орган; поставяне на импланти; намеса върху един или повече органи на един етап; едновременна намеса върху орган/органи от две области/кухини; остър хирургичен корем; заболявания, изискващи високоспециализирани оперативни процедури. Тези процедури се извършват по уникални за страната методики – ендоскопски и мининвазивни.