Клиниката по клинична имунология с банка за стволови клетки извършва респектираща по обем и същност медико-диагностична, лечебно-консултативна, учебно-преподавателска и научно-изследователска дейност в областта на клиничната имунология, имуногенетиката, тъканата съвместимост, трансплантацията и редките болести.
Част от огромния спектър дейности са уникални за страната: диагностика на заболявания, вкл. имунодиагностика; диагностика при донори и рецепиенти на органи, тъкани и клетки; молекулярна диагностика; имунологичен мониторинг; лечение на заболявания, вкл. субституираща, имуномодулираща и специфична имунотерапия; обучение на студенти, специализанти и продължаващо обучение на лекари и медицински специалисти; диспансеризация; промоция на доброволно и безвъзмездно дарителство на костен мозък и стволови клетки; профилактика на заболявания; научна дейност; клинични изпитвания на лекарства, медицински изделия и медицинска апаратура; дейности в областта на трансплантацията-вземане, експертиза, обработка, преработка, съхраняване, етикетиране, предоставяне и транспортиране на стволови клетки и костен мозък за трансплантация; референтна, контролна и методична дейност по съответните направления в имунологията; експертна дейност в областта на първичните имунни дефицити. Извършва се имунологична подготовка на донори и реципиенти за трансплантация на органи, тъкани и клетки и мониториране на трансплантирани пациенти.
ККИ е приемник на Националната публична донорна банка за стволови клетки и на първия у нас Експертен център по редки болести за диагностика и лечение на първични имунни дефицити, който е член на две европейски референтни мрежи. Лабораторно-диагностичните медицински услуги включват имунофенотипизиране по международно утвърдени панели за диагностика на имунодефицитните състояния, тестове за функционална клетъчна активност, фагоцитоза, високоспециализирани имунологични и молекулярно-генетични изследвания и се прилагат иновативни методи на лечение.
Качеството на работата е сертифицирано от международни системи за междулабораторен контрол (INSTAND, NEQAS, Eurotransplant, Balkan EPT, СЕТ), ISO и от националната система за ВОК по имунология.
Акредититана е от Европейската федерация по имуногенетика (EFI) от 1998г., в резултат на което през 2000г. със заповед на Министъра на здравеопавазнето е определена за Национална референтна лаборатория по тъканно типизиране и имунологичен мониторинг и осъществява референтна, контролна и методична дейност по съответните направления в имунологията.