В ЦЛМ се извършват микробиологични изследвания на различни видове материали от болни и амбулаторни пациенти, при които има съмнение за инфектен процес или проявени симптоми на инфекция. Във връзка със санитарно – микробиологичния контрол на ВБИ се изследват и материали от болнична среда, медицински персонал, апаратура, инструментариум и средства за дезинфекция. Чрез микробиологичното изследване се доказва инфекциозен причинител, определя се неговата чувствителност към антибиотици и се дава препоръка за провеждане на най – подходяща за пациента антимикробна терапия.
Лабораторната база е модерна, разполага със съвременна диагностична апаратура. Прилагат се класически и бързи методи за доказване на причинителите на сепсис и инфекции в сърдечно – съдовата система, уро – генитални инфекции, инфекции на кожата и меките тъкани, раневи инфекции, инфекции в горните и долни дихателни пътища, инфекции в УНГ, очни инфекции, инфекции в ЦНС, диариен синдром и други. В ЦЛМ се диагностицират и инфекции, причинени от някои трудни за култивиране микроорганизми: анаеробни бактерии, хемофилни бактерии, клостридии, микоплазми, хламидии, гъби, трихомонади.
Лабораторията участва в Система за външна оценка на качеството на диагностичната дейност, за което се сертифицира два пъти годишно. ЦЛМ участва и се сертифицира ежегодно по линия на междунара оценка на качеството – UK/NEQAS for Microbiology.