Болничната аптека е разкрита паралелно със създаването на лечебното заведение. Тя осигурява лекарствени продукти и медицински изделия за хоспитализираните пациенти. Тук се извършват дейности по получаване, съхраняване, приготвяне, опаковане и отпускане на лекарствени продукти и медицински изделия. Аптеката притежава лиценз за работа с наркотични вещества и отговаря на изискванията на ЗКНВП.
В болничната аптека се приготвят лекарствени продукти за лечение на злокачествени заболявания във вид за директно проложение на пациента. Тук се приготвят радиофармацевтици за PET-CT диагностика на пациенти. Към настоящия момент се приготвят две групи радиофармацевтици базирани на 18F и 68Ga. В циклотронния комплекс на болничната аптека се приготвя също така 18F-FDG - универсален туморотропен радиофармацевтик, прилаган при диагностиката на различни злокачествени заболявания.
През 2020г. в болничната аптека на УМБАЛ "Александровска" беше пусната в експлоатация първата радиохимична лаборатория за производство на маркирани с 68G радиофармацевтици, с които се диагностицират пациенти с карцином на простатната жлеза и невроендокрини тумори. Произвежданите в лабораторията радиофармацевтици преминават през задължителни (заложени в Европейската фармакопея) тестове за качествен контрол. Гарантиран е висококачествен, ефективен и безопасен за приложение върху пациентите лекарствен продукт.